Total RNA isolation from the mesocarp of oil palm (Elaeis guineenssis Jacq. var. Tenera) fruits

Abstract

Amanda UD, Cartealt IC. 2015. Isolasi RNA total dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineenssis Jacq. var. Tenera). Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 1 (2): 171-176. Telah dilakukan studi awal isolasi RNA total dari jaringan daging buah (mesokarp) tanaman kelapa sawit (Elaeis guineenssis Jacq. var. Tenera). Isolat RNA total yang baik merupakan syarat untuk penelitian yang berkaitan dengan ekspresi gen. Penelitian bertujuan untuk memperoleh metode ekstraksi RNA total dengan kualitas dan kuantitas yang optimal. Sampel jaringan yang digunakan adalah daging buah muda dari kelapa sawit varietas Tenera dengan perlakuan penyimpanan beku (frozen) dan jaringan segar (fresh). Buffer denaturan yang digunakan dalam penelitian berasal dari kit ekstraksi RNA, yaitu buffer RLT (mengandung guanidin tiosianat/GITC) dan RLC (mengandung guanidin hidroklorida/GuHCL). Secara kualitatif, hasil ekstraksi RNA dianalisis melalui elektroforesis gel agarosa 1%. Isolat RNA total yang diperoleh dalam penelitian mempunyai kualitas yang optimal, ditunjukkan melalui fluoresensi pita 18S rRNA dan 28S rRNA dengan ketebalan (intensitas) dan ketajaman yang baik. Kuantifikasi isolat RNA total dilakukan dengan bantuan alat spektrofotometer melalui pengukuran absorbansi UV pada panjang gelombang 260 nm (A260). Konsentrasi RNA total tertinggi diperoleh pada sampel beku yang diekstraksi menggunakan buffer RLC (sampel D), yaitu sebesar 641.52 ng/μL. Keberadaan kontaminan juga diketahui melalui spektrofotometer, dengan mengukur besar perbandingan (rasio) A260 terhadap A280 dan rasio A260 terhadap A230. Sampel D mempunyai kemurnian yang paling baik diantara semua sampel dengan nilai A260/A280 dan A260/A230 paling mendekati 2.0 ± 0.1.